《自然学院林》以“故事化”“游戏化”的角色扮演模式，组建起“学院林探索队”，由毕业于清华大学的“最强大脑”王昱珩担任领队，北京大学胡明昊担任副领队。三名小队员则是个性鲜明、喜好迥异的“社牛”Q宝、“小小昆虫家”柒柒与“呆萌女宝”小米。先后前往珠海长隆海洋王国、广州长隆野生动物世界、金猴岭原始森林、燕子洞、官门山、大九湖、林红仙茶园、神农架星空露营地与大自然直接对话，感受生物的多样，揭示生态的奥秘。