《魔法泡泡美人鱼 第二季》主要围绕着小泡泡们和小精灵们经历重重磨难最终唤醒小贝壳们，并共同拯救海洋世界而展开。在大家的共同努力下，她们集齐藏在五大洋中的红宝石珍珠、翡翠珍珠、玛瑙珍珠、紫晶海珍珠和蓝宝石珍珠这五颗源珠，唤醒了小贝壳们，并与小贝壳们一起拯救了整个海洋世界。