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动物基因组学（帝王计划）研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉。她从幼体中孵出，在一群雇佣兵袭击这个机构时，魔斯拉逃了出去。然后她在一个瀑布包了茧，随后破茧而出，完成了全形态生长。在2014年，哥斯拉被整个世界看到后，“帝王组织”在水下建了一个基地，在这个位于水下好几英里的水中基地中，他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物。那是他们真正的研究核心。
长期沉睡于地底和冰川里面神秘的巨兽在星球上面已经有上万，甚至好几万年的历史，它要把这个星球重新夺回它自己的手下。为了大自然的生态平衡，哥斯拉苏醒了，它去消灭那些未来可能会去损害大自然平衡的生物。后来，哥斯拉和魔斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。此前一直被认为只存在于神话当中的古老的超级怪兽一一登场，他们将为争夺“怪兽之王”而战，人类的生存也受到严重威胁……
