《木奇灵3奇灵之心》讲述了松卡为成为最强勇士求助洛飞，其灵力引起人工智能吉尔伽的觊觎。吉尔伽为统治世界意图夺取奇灵大陆能量之源“奇灵之心”。为保护自然生态，和合神将奇灵之心化为五颗种子藏于五大植物部族。松卡和洛飞受托与吉尔伽的机械昆虫部队展开争夺，踏上了集齐种子、守护和平的冒险旅程。