罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖工业中心，另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像，万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。在这个世界的黑暗深处，新的阴谋正在悄悄临近......