小镇爆发未知花粉过敏症，拇指联盟求助画家找出治愈小镇的五星橙色宝石。拇指联盟在渔城明珠塔发现神秘黑衣人和属下坏博士试图研发超级武器，并通过明珠塔发射，制造更大的破坏伺机夺取宝石。拇指联盟与神秘人交战，并在五星橙色宝石守护神的坐骑巨象的帮助下挫败了黑衣人和坏博士的邪恶计划。