追溯过去，迷你特工队诞生的故事。 迷你特工队研究所杰瑞米博士正在研究具有超强威力的能量“锕反应堆”，而另一方面蜥蜴军团队长宙斯企图用锕反应堆制造强大的武器威胁人类世界，并突袭迷你特工队研究所夺取锕反应堆。为夺回锕反应堆，本部计划组建精英团队，从各地召集了弗特、塞米、麦克斯、露西等队员。