在《燃烧的蔬菜》第二季之《家园保卫战》中，海岛上的蔬菜，依然边过着和同伴生活、嬉戏的日子，边提防着变异动物的入侵。不同的是，第二季中，变异动物部落对蔬菜家园的入侵开始变本加厉，而邪恶的基因博士的神秘真面目，也逐渐浮现冰山一角。因此，面临着更加严峻形势，蔬菜们也各自使出看家本领，势要保卫家园。