《百年南京》由中共南京市委宣传部、南京广播电视集团等共同承制。该片总导演由中国两代纪录片领军人物时间、周兵共同担任。同时，摄制组还力邀南京史学专家张宪文、叶南客、李继峰，建筑名家齐康、周琦，文化学者薛冰等担任顾问。该纪录片从2013年6月开始启动以来，历时15个月摄作完成。