索尼克渐渐适应了地球的生活，它融入了新的家庭，并且得到了人类的信任。不过好景不长，蛋头博士依旧准备前来搞破坏，这一次他将和纳克鲁斯一起，夺取整个人类的财富，并摧毁整个文明系统。在不得已之下，索尼克只好重新回到战场，与恶人展开战斗。