男高中生小坂零对什么都没有兴趣，过着无聊的学校生活。某天，他看到同班同学——因为消极的言行被周围人孤立、经常割腕自杀的鹿野娜娜，在教室里埋葬蜂的死骸。自从意外目击到娜娜重视昆虫生命的一面后，小坂不断笨拙地与她进行交流，和她一起度过的时间也增加了。