铁郎在外旅行一年后回到了地球，却被总督波尔加扎达三世当成是危险分子即将处死。危急时刻，999号救了铁郎。在999号列车上，铁郎与美特尔重逢，除了列车长和柯莱尔这些老朋友之外，铁郎还认识了电子精灵嘉农和小猫阿咪。他们为了与宇宙的黑暗支配者抗争，一同踏上了新的旅程……