以海洋作为故事上演的舞台，动画主要讲述了八个可爱小动物组成的海底探险小队的故事。本季小纵队的成员们再次准备出发去解决海底及陆地的险情、排除潜在可能发生的危险。海底小纵队以巴克队长为领导核心，集结了呱唧、皮医生、达西西、章教授、谢灵通、突突兔、小萝卜等团队成员，他们为小动物提供帮助与救援，完成海底小纵队“探险、拯救、保护”的使命。