幻想乡咖啡店是江源理用一次咖啡师比赛所获奖金开的，可开业以来销售额一直为零。有五位中二少年认定幻想乡位于次元的裂缝之中，他们决定拯救幻想乡，由此展开了种种令人啼笑皆非的日常。江源理在他们建议下入宅，并成立“幻想乡二中队”，过程中的六人产生了纯真友谊和莫名的羁绊。可突然有一天，江源理发现中二少年们不再中二，二次元一夜之间濒临消失，他决定查出事实真相，挽回朋友，拯救属于他们的二次元。