动画讲述了运河边长大的小女孩凌雨菲偶遇运河精灵，与运河精灵一起保护运河、对抗黑沙污染的神奇之旅。动画以章回体的方式呈现，用时空穿梭的方式亲身经历北京城营建、京剧诞生等运河承载的重要历史事件和民间故事，还原水运动脉的繁荣，展现中国人民的伟大创造精神和民族复兴的梦想，描绘出一幅跨越古今的大运河文化图景。