在新科技发展的近未来，社交网络上流传着众多被称为“全息幽灵”的真假不明的灵异现象传闻。初一学生天之河宙，因为启动了父亲留下的名为“数码器”的神秘设备，开始能看到普通人看不到的未知生物——“数码宝贝”。自从与父亲托付的顽皮数码宝贝“伽马兽”相遇的那天开始。宙就被卷入了各种各样的灵异现象中。盗取人类时间的“缝口男”、在夜晚徘徊并掳走人类的“木乃伊男”……全息幽灵就在我们身边伺机而动。即将开始的是，无人知晓的世界背后的故事。宙与伽马兽和其他同伴一起，踏入了数码宝贝生息的奇妙世界。