为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大门界人，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的大门界人漂亮地攻克了贤者之谜和愚者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是大门界人与青梅竹马的少女井藤野乃叶以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜和愚者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。