收录柯南系列番外篇，高中生侦探工藤新一在与青梅竹马毛利兰去游乐园游玩时，不经意中发现了行踪可疑的黑衣人。于是工藤新一尾随跟踪，并目睹了黑衣人正在进行可疑交易。不料，却被另一名黑衣人在背后击晕，被强行灌下一种名为APTX-4869的毒药，致使身体变小。为了在不暴露真实身份并继续追踪黑衣人及其成员，工藤新一改名为“江户川柯南”，帮助毛利小五郎破了许多案子。