《龙脉传奇》的故事起源于上古时期，蚩尤和炎黄两帝那场惊天动地的大战。蚩尤率领着八十一个铜头铁臂的兄弟去攻打农耕发达的炎帝部落。炎帝联合了以龙为图腾的黄帝，大败蚩尤。然而，凝聚着华夏民族智慧结晶的龙脉却在战争中被打碎了，化成无数碎片散落到了另一个时空。如果龙脉不能被重聚，华夏民族将会因为失去智慧的守护而逐渐走向消亡。龙贝贝和龙太子这对龙族姐弟，是动画片中的原创卡通人物，他们聪明勇敢，尤其是龙太子这个形象，集中了现在很多同年龄孩子共有的特点。姐弟俩接受了黄帝的委托，穿越时空隧道，走遍中国千年历史，去寻找那些身上封印了龙脉碎片的科学家，等待他们完成毕生最重要的科学成果，收回碎片，重聚龙脉。