以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官（西村雅彦）的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。一行人将于第一天在湖上巡航一小时。 乘坐游船的除新一班级的30名学生之外，还有代理班主任北岛慎吾（府川亮），导游西田麻衣（水川麻美，水川あさみ ），还有船长东邦夫（松重丰）和船员南田恭介（西村和彦）。其间，小兰的好友园子（岩佐真悠子）由于晕船，在船内休憩室休息。但不久后就听到“啪沙”的激烈水花声，船上一片骚动。新一他们立即赶到休憩室，发现园子已失踪，室内留有争斗痕迹。 接手此案的县警搜查本部搜查负责人多摩川刑警（伊武雅刀）召开了搜查会议。由于园子是铃木财团的千金，被勒索赎金的可能性极高。学生们被安排住进现场附近的酒店。非常担心园子的小兰向开侦探事务所的父亲·毛利小五郎（阵内孝则）求助。