传说中创造世界的神奇宝贝阿尔宙斯，在某次灾难中拯救了世界不被灭亡，但却身受重伤，是达摩斯救了他。 之后，为了使米季纳的土地复苏，阿尔宙斯将其生命宝玉借给达摩斯，并约定在下一个日蚀之日归还，但达摩斯却背叛了誓言。 阿尔宙斯长眠前，许下“当我下一次醒来后将对人类进行制裁”的誓言。 在阿尔宙斯苏醒之后，以压倒性的力量将三神彻底打败，而帝牙卢卡也在倒下前夕将小智一行人送到过去，去了解达摩斯为什么会背叛阿尔宙斯的真正缘由……